1국 2개 협정 사후적용이란, 동일 수출국에 두 개 이상의 FTA가 발효되어 있을 때, 수입 시 적용받은 협정관세를 배제하고 다른 협정의 특혜세율로 전환하는 제도를 말합니다.
대표적으로 베트남(한-아세안 FTA / 한-베트남 FTA)과 싱가포르(한-아세안 FTA / 한-싱가포르 FTA)에서 이 문제가 빈번하게 발생합니다.
이 제도의 법적 근거는 「과거- 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(FTA특례법) – 現 제9조 제1항이며, 관세청이 2018년 8월 시달한 「1국 2개 이상 협정이 적용되는 수입물품에 대한 협정관세 사후적용 시 업무처리 지침」이 구체적인 처리 절차를 정하고 있습니다.
협정 전환의 실무 요건
협정을 전환하려면 두 가지 선행 조건을 충족해야 합니다.
첫 번째, 관세법 제38조의2(보정) 또는 제38조의3(수정·경정)에 의해 기존 협정관세 적용을 취소해야 합니다. 이 과정에서 기본관세율과 기존 협정세율 사이의 차액이 부족세액으로 확정되며, 이를 납부해야 다음 단계로 넘어갈 수 있습니다. 예컨대 한-아세안 FTA 5%로 신고한 물품의 기본관세율이 8%라면, 3%p에 해당하는 관세 차액을 먼저 정산해야 합니다.
두 번째, 전환하고자 하는 협정의 유효한 원산지증명서(C/O)를 확보해야 합니다. 수입신고 수리일로부터 1년이라는 신청기한 안에 C/O 준비와 사후적용 신청이 모두 완료되어야 하므로, 해외 수출자와의 사전 협의가 필수입니다. C/O 발급에는 통상 수주가 소요되고, 협정에 따라 요구되는 서식과 기재 항목이 다르기 때문에 충분한 준비 기간을 확보하는 것이 중요합니다.
세관장은 사후적용 신청을 받은 날부터 2개월 이내에 적용 여부를 통지해야 하며, C/O 보완이 필요한 경우 5일 이상 45일 이내의 보완 기간을 부여할 수 있습니다(FTA관세법 시행규칙 제21조 제5항).
전환이 승인되어 납부할 관세가 감액되면, 기존 배제 과정에서 납부한 가산세에 대해서도 환급을 신청할 수 있습니다.
가산세라는 변수
협정 전환 과정에서 반드시 고려해야 할 비용 요소가 가산세입니다.
FTA관세법 제36조는 기존 협정 배제로 인한 부족세액에 대해 10%의 신고불성실 가산세와 납부기한 익일부터 실제 납부일까지의 기간 이자를 부과하도록 규정하고 있습니다. 원산지증명서를 위·변조하는 등 부정한 방법이 개입된 경우에는 가산세가 부족세액의 60%까지 가중됩니다.
과세가격 1억 원짜리 물품을 기준으로 살펴보면, 협정 간 세율 차이가 5%p 이상이면 전환의 실익이 명확합니다.
반면 세율 차이가 1~2%p에 그치면, 가산세와 기간 이자가 환급액을 상쇄하여 오히려 손해가 발생할 수 있습니다.
YD글로벌 이창우 관세사는 전환 검토 요청이 들어오면 세율 차이 × 과세가격과 예상 가산세를 대조하는 손익분석을 반드시 먼저 수행합니다.
한편 2025년 1월 1일부터 시행된 FTA관세법 제36조의2는 수입자에게 귀책사유가 없는 원산지증명서 오류에 대해, 원산지 조사 통지를 받기 전 스스로 보정을 신청하면 보정이자를 면제할 수 있는 경로를 신설했습니다. 전환을 검토하는 단계에서 이 면제 요건 해당 여부까지 함께 확인해 두는 것이 유리합니다.
쟁점 — 사후 전환과 사전 설계의 경계
이 제도가 존재한다는 사실이 수입 전 검토를 생략해도 된다는 의미는 아닙니다. 실무에서 자주 발생하는 오류는, 수출자가 먼저 발급해 준 한 가지 협정의 C/O에 따라 통관한 뒤 뒤늦게 전환을 시도하는 것입니다. 이 경우 가산세 부담은 물론, 기한 리스크까지 겹칩니다.
신청기한 1년, C/O 유효기간, 세관 보완 요구 기간이라는 세 가지 시한이 동시에 진행되기 때문에, 전환 검토가 늦어질수록 절차를 완료할 물리적 여유가 줄어듭니다.
저, 이창우 관세사의 실무 기준으로는 수입신고 수리일로부터 9개월 이내에 전환 여부를 확정하고, 10개월 이내에 새 C/O를 확보해 신청하는 것을 원칙으로 하고 있습니다.
특히 RCEP 발효 이후 베트남과는 세 개의 협정이 중첩되면서, 어떤 협정의 양허세율과 원산지결정기준 조합이 가장 유리한지 판단하기가 더욱 복잡해졌습니다. 수입 규모가 큰 기업일수록 협정 선택이 연간 관세 비용에 미치는 영향이 크기 때문에, 통관 전 단계에서의 사전 분석이 갈수록 중요해지고 있습니다.
결론적으로 1국 2개 이상 협정이 적용되는 물품을 수입하는 기업이라면, 통관 전에 협정별 양허세율·원산지결정기준·C/O 발급 요건을 비교하여 최적의 협정을 선택하는 것이 원칙입니다.
사후 전환은 그 설계가 빗나갔을 때의 복구 수단이며, 복구에도 비용이 따른다는 점을 기억하셔야 합니다.
저희 YD글로벌 관세사무소는 협정 선택 컨설팅부터 사후적용 신청까지 전 과정을 직접 수행하고 있습니다.
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이창우 대표관세사 — YD글로벌 관세사무소 대표
2009년 관세사 업무를 시작해 2013년 개업 이래, 전국 수출입 기업의 통관을 비롯해 세관심사 대응·관세환급·FTA 원산지 컨설팅·행정쟁송, 그리고 물류 포워딩까지 직접 수행하고 있습니다.
삼성전자·현대기아차 등 대기업 및 중소기업을 비롯한 통관 및 컨설팅 실무 18년차, 2019년 관세청장 표창을 받았습니다.
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